新冠病毒的變遷

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作者：路人丙來源：美中藥源

2020-04-13

本周劍橋的科學(xué)家發(fā)表一篇PNAS文章（https://doi.org/10.1073/pnas.2004999117）分析了去年12月24日到今年3月4日間世界主要地區(qū)新冠病毒的變遷過程。

【新聞事件】：本周劍橋的科學(xué)家發(fā)表一篇PNAS文章（https://doi.org/10.1073/pnas.2004999117）分析了去年12月24日到今年3月4日間世界主要地區(qū)新冠病毒的變遷過程。作者假設(shè)云南發(fā)現(xiàn)的蝙蝠毒株BatCoVRaTG13為最早感染人類的新冠病毒，通過對160例新冠患者中分離到病毒的基因組與這個蝙蝠病毒比較認為到3月4日為止世界上大概有三類不同亞型新冠病毒。與TG13最接近的A亞型雖然武漢患者確實有、但不是主流，A亞型主要分布在美國、澳大利亞。由A亞型變異而來的B亞型是武漢的主要亞型，但這個亞型只有少數(shù)輸出到東亞以外的世界其它地區(qū)、而且都發(fā)生了變異。C亞型主要出現(xiàn)在歐洲，這個亞型在中國沒有出現(xiàn)、但可能是B亞型突變而來。

【藥源解析】：我對基因演化樹分析一無所知，為了尋找新治療思路今天自學(xué)了一點基本知識認真讀了這篇文章。從我外行角度看這個工作最大問題可能是把蝙蝠TG13定為這次大流行的起源，把這個基因組作為這個演化樹的樹根。這個蝙蝠病毒與新冠有96%的同源性、是已知與新冠最接近的動物冠狀病毒，但這不一定說明它是COVID19唯一起源、甚至起源之一，沒發(fā)現(xiàn)更接近的不等于TG13就是元兇。TG13與最接近的A亞型有~1200對堿基的區(qū)別，據(jù)遺傳學(xué)家講這個差別偏大。因為TG13與CoV序列差別較大，所以雖然與A亞型最接近但因為A、B、C之間區(qū)別很小，所以TG13先變異成B或C也不比先變異成A可能性小很多。如果有證據(jù)證明A出現(xiàn)在B和C之前或許可以支持作者結(jié)論，但作者并沒有出示這個數(shù)據(jù)。

這篇文章的另一個缺陷是寫的非常簡單，更增加了我這外行的理解難度?，F(xiàn)在已有接近6000新冠基因組被破解，但作者為什么選擇了這160個樣品沒講清楚。作者說主要是因為這些樣品時間較早，因為病毒在不斷變異所以越后期的基因組多樣性越多、分析難度增加。但即使在早期這160個樣品是不是能代表新冠亞型在世界的真實分布也存疑，因為不知道具體哪些因素令科學(xué)家們測序了這160個樣品，可能是隨機、也可能是患者病情較重、也可能是作者比較容易得到這些序列。即使這160個樣品代表真實分布，這個樣本量是否足夠？根據(jù)什么把這100多個不同基因組分成ABC三個亞型，而不是AB兩個、或ABCD四個也沒有說明，只是說用了一個數(shù)學(xué)網(wǎng)絡(luò)算法。上個月有人把武漢當(dāng)時流行病毒分成S、L兩類也遭到專家質(zhì)疑，說分類缺少功能性數(shù)據(jù)。

根據(jù)作者的說法這個研究最重要的一個觀察是最早出現(xiàn)的A亞型在武漢反而較少見，一種可能是當(dāng)時較罕見的B亞型因為復(fù)雜原因首先引起大規(guī)模感染。第二種可能是B亞型更適合亞洲人的免疫環(huán)境所以在亞洲人口傳播更快、擴散更容易，而要感染其它人種則需要變異。這些觀察如果真實可靠可能會影響治療策略，如果不同亞型傳染不同種族、致死率不同，那么針對每個種族可能需有不同療法。這不僅增加了研發(fā)難度，也會出現(xiàn)哪個種族應(yīng)該優(yōu)先對待的倫理問題。但因為上面提到的那些問題，B是不是在A后出現(xiàn)、在亞裔是不是真比A多很多都需要更多研究。不管這個分型是否可靠、這些亞型是否有功能性或人種差異，有一點是肯定的即大流行持續(xù)時間越長、病毒變異也就越多、特異性藥物或**的適用人群也就可能越小。廣譜抗病毒藥物雖然不可避免地會犧牲一定療效和安全性，但可能會成為一個無奈的現(xiàn)實選擇。

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