僅需10萬個細(xì)胞！“升級版”Hi-C技術(shù)，大大降低建庫門檻

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來源：生物探索

2019-01-10

Hi-C是近年發(fā)展起來的三維基因組學(xué)研究利器，由高通量測序技術(shù)（High-throughput sequencing）與染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)（Chromosome conformation capture）相結(jié)合衍生而來，用于染色體構(gòu)象的分析。

不過，由于需要近千萬個級別的細(xì)胞才能滿足一個Hi-C文庫的構(gòu)建，這種“高不可攀”的建庫起始量極大限制了生殖和腫瘤等研究領(lǐng)域微量樣本的染色質(zhì)構(gòu)象解析以及科研工作者對未知領(lǐng)域的探索。

因此，降低Hi-C建庫起始量，一直是三維基因組學(xué)研究者想要攻關(guān)的難題。

率先降低Hi-C技術(shù)建庫“門檻”

近期，三維基因組測序技術(shù)引領(lǐng)者——安諾基因成功推出了10萬個細(xì)胞水平的Hi-C建庫，率先實現(xiàn)了低起始量Hi-C建庫的產(chǎn)業(yè)化服務(wù)，讓Hi-C技術(shù)應(yīng)用到了更多的研究領(lǐng)域。以下，是來自這一“升級版”Hi-C技術(shù)的一些實測數(shù)據(jù)：

樣本要求

樣本類型：細(xì)胞（人、鼠或其他物種）

建庫起始量：10萬個交聯(lián)細(xì)胞樣本/文庫（約3ug DNA）

測序平臺：Illumina Hiseq X TEN，PE150

實測小數(shù)據(jù)結(jié)果

對10余例人和小鼠的細(xì)胞樣本進行了多輪測試，小數(shù)據(jù)評估結(jié)果顯示，最終可用于分析的Valid Rate（%）均在60%以上，可達(dá)83%。

仍在繼續(xù)升級Hi-C技術(shù)

安諾基因于2015年初首次在國內(nèi)推出動物群體Hi-C和單細(xì)胞Hi-C測序服務(wù)，隨后將人類染色體三維構(gòu)象解析的分辨率提升至1kb水平；同年12月，公司又在國內(nèi)首次推出了植物Hi-C測序服務(wù)。

四年來，隨著技術(shù)不斷提升，眾多科學(xué)家利用安諾基因的Hi-C技術(shù)發(fā)表了研究成果。公司與法國居里研究所、中國農(nóng)業(yè)大學(xué)、中科院動物所、西南大學(xué)、南京醫(yī)科大學(xué)等多家科研院所達(dá)成了深度合作，一些成果已發(fā)表在Nature、Molecular Plant、Nature communications、Genome Biology等雜志上，累計IF 達(dá)97.19。

安諾基因表示，10萬個細(xì)胞的產(chǎn)業(yè)化Hi-C建庫，是微量細(xì)胞Hi-C建庫研發(fā)計劃中的關(guān)鍵性進展，但這遠(yuǎn)不是的終點，持續(xù)降低Hi-C建庫起始量的研發(fā)仍在繼續(xù)。Hi-C技術(shù)的進一步升級必將拓展其應(yīng)用范圍和使用人群，幫助攻克更多生命科學(xué)領(lǐng)域的未解難題。

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