近日,F(xiàn)DA批準了泛癌種靶向藥拉羅替尼上市,意味著不管什么癌種,只要存在NTRK基因融合,就可以用這個藥物治療,這一消息在朋友圈刷屏。2018年,腫瘤靶向藥物一再給我們驚喜,肝癌的倉伐替尼開售、K藥在中國大陸上市等,腫瘤的精準醫(yī)療時代已經到來。而這均離不開對基因的突變或融合檢測,本文將對不可或缺的基因測序予以介紹。
1、精準醫(yī)療處于爆發(fā)點, NGS引領潮流
精準醫(yī)療,著重“精、準“兩個字,是一種考慮到每個人基因、環(huán)境和生活方式等個體化差異的用于疾病的預防和治療的新興醫(yī)療方式。通俗來講,就是根據患者的基因信息等,將患者精確分類,對病人進行個體化診療,盡可能提高治療療效、降低副作用。目前,得益于人類基因組測序的普及、生物信息分析技術的提高、大數據利用新工具的產生、政府和學術機構資本的支持等,精準醫(yī)療將極大改善患者的診療體驗和診療效果,我國的精準醫(yī)療已處于爆發(fā)點。
精準醫(yī)療包括精準診斷和精準治療。精準診斷需深入到體細胞突變及基因多態(tài)性的層面,而這些都離不開測序。Sanger法測序(即一代測序),采用雙脫氧末端終止法,擴增后通過毛細管電泳讀取序列,每個堿基(A-T-C-G)都讀出來,類似于我們一字一字讀文章,因此每次獲取數據量少。NGS(Next Generation Sequence,即二代測序),也稱為高通量測序,可一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,其核心思想是邊合成邊測序,通過捕捉新合成的末端的標記來確定DNA的序列。NGS在通量大幅提升的前提下,測序成本呈現(xiàn)幾何級的下降,遠超摩爾定律,且準確性高,目前已經成為市場商用主流?;驕y序的技術更替演進很快,三代測序也在發(fā)展完善中,其主要的特點是單分子測序,但因為錯誤率較高,目前分析軟件也不夠豐富,限制了其商用,但在未來的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)及單細胞測序中,應用價值將明顯體現(xiàn)。
基因測序應用領域除涉及醫(yī)學檢測(生育健康-NIPT、腫瘤和遺傳病診療,病原微生物)外,還有基礎科研(疾病、藥物研究,人重測序),及農業(yè)育種、環(huán)境監(jiān)測等多方面。
2、NGS產業(yè)格局:服務蓬勃發(fā)展難掩上游乏力之憾
基因測序儀是測序產業(yè)鏈的起點也是關鍵環(huán)節(jié),它為整個中下游測序服務提供最基本的測序支撐。目前全球的基因測序設備分布在60多個國家,主要出自 Illumina、Thermo Fisher、Roche、Pacific Biosciences、Oxford Nanopore,五家公司占市場份額99%以上,其中以 Illumina 市場份額(83.9%)。測序上游是全產業(yè)鏈中利潤最豐厚、規(guī)模一環(huán),門檻也。這一環(huán)節(jié),我國發(fā)展相對較落后,雖然目前已有華大基因、華因康基因開始自研設備,貝瑞和康采取合作開發(fā)模式,但直接購買國外公司設備還占據主流。
作為精準醫(yī)療的基礎支撐技術,基因測序應用范圍廣,結合目前人類需求,主要的兩個應用領域是生育健康和腫瘤診療:孕前遺傳病致病基因攜帶篩查、產前的NIPT(21-,18-13-三體綜合征)及產后新生兒的耳聾基因檢測等;腫瘤發(fā)病及復雜耐藥機制的探究,腫瘤靶向治療依據,腫瘤治療效果監(jiān)測及預后判斷等。國內提供第三方測序服務的機構數量多,競爭激烈,較突出的有:專注測序綜合服務的安諾優(yōu)達,致力基礎科研的之江生物,關注臨床應用的達安基因、艾迪康等。
相對傳統(tǒng)產前檢測技術,NIPT在安全性、準確率、周期短等方面有明顯優(yōu)勢,主要的技術基礎是NGS和生物信息學,僅需抽取靜脈血,報告時間短,準確率可達99%。我國NIPT市場主要為華大基因、達安基因、貝瑞和康及博奧生物等覆蓋。
3、NGS應用前景廣闊,百億市場在握
NGS是基因檢測領域中增長最快的子行業(yè),是測序市場的主流。全球NGS行業(yè)市場規(guī)模,2020年將有望達到86億美元。隨著經濟不斷壯大發(fā)展,監(jiān)管政策不斷合理化、規(guī)范化,我國的測序市場快速發(fā)展,有望成為全球NGS市場的大本營之一。
據預測,腫瘤領域應用市場容量約占全球基因測序容量的60%,主要是因為腫瘤發(fā)病率的逐年攀升以及腫瘤的顯著個體差異。TKI藥物的更新?lián)Q代,肺癌、腸癌、乳腺癌等常發(fā)癌種的靶向治療,已明顯提高患者的生存期,改善患癌后生活質量。目前除了腫瘤全外顯子NGS檢測,還有對肺癌和腸癌的10基因檢測,聚焦某種腫瘤,針對性強,降低患者的經濟負擔;NGS結果,除了給出哪些基因的位點突變,同時可以覆蓋目前已有的190多種靶向藥物和60多種化療藥物,為臨床及時制定靶向用藥方案和化療方案提高重要依據。
國內的NGS測序公司的數量逐年上升,已經形成了一批具有突出品牌優(yōu)勢的第一梯隊NGS公司:華大基因、貝瑞和康、達安基因、博奧生物、諾禾致源、安諾優(yōu)達等。華大基因是目前國內測序行業(yè)龍頭,市場份額約占20-30%,華大基因近三年的營業(yè)收入均值約15-17億元。參考以上營收及市場占額,中商產業(yè)研究院推測,中國測序市場規(guī)模預計2022年將突破150億元。
4 、結 語
精準醫(yī)療是醫(yī)學的全方位變革,而涉及個體化用藥、疾病預測等,這一道路也存在較多瓶頸:民眾接受程度、政府認可程度以及相關服務產品技術與流程等不夠完善。目前,基因組相關的研究已從基本的結構研究過渡到了醫(yī)學應用,后續(xù)將至促進醫(yī)學研究及提升醫(yī)學實踐等層面,筆者相信基因測序技術是下一個改變世界的技術。
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