升級版環(huán)形RNA數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站發(fā)布

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來源：上海營養(yǎng)與健康研究院

2018-09-20

近日，國際學(xué)術(shù)期刊Genomics， Proteomics & Bioinformatics在線發(fā)表了中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院（營養(yǎng)與健康院）中科院－德國馬普計算生物學(xué)伙伴研究所楊力研究組關(guān)于環(huán)形RNA研究的最新進(jìn)展“CIRCpedia v2： An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison”。

升級版的環(huán)形RNA數(shù)據(jù)庫CIRCpeida v2共收錄了6個物種（包含人、小鼠、大鼠、斑馬魚、果蠅和線蟲）中超過180個樣品的環(huán)形RNA計算分析結(jié)果。主要通過CIRCexplorer2和 MapSplice計算流程統(tǒng)計獲得了262，782個環(huán)形RNA分子，其中包括73，972個可變反向剪接事件。使用者可通過檢索和下載模塊獲取環(huán)形RNA基因組坐標(biāo)、表達(dá)水平、可變反向剪接、人鼠保守性等多樣化信息，通過瀏覽模塊在基因組上圖形化查看環(huán)形RNA具體表達(dá)模式，并通過新的在線分析工具對不同樣品中的環(huán)形RNA開展比較分析。這一升級版的環(huán)形RNA數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站為環(huán)形RNA研究提供了一個全面和綜合性的平臺，為深入開展環(huán)形RNA功能研究提供了數(shù)據(jù)支持和理論依據(jù)。

楊力研究組長期從事RNA組學(xué)研究，通過合作研究系統(tǒng)揭示內(nèi)含子互補(bǔ)配對序列對環(huán)形RNA表達(dá)的關(guān)鍵作用（Zhang et al.， Cell 2014； Zhang et al.， Cell Rep 2016）；表明不同順式內(nèi)含子互補(bǔ)配對序列間的競爭性配對可以導(dǎo)致環(huán)形RNA的可變反向剪接，進(jìn)而從一個基因位點產(chǎn)生多個環(huán)形RNA分子（Zhang et al.， GenomeRes 2016）；通過系統(tǒng)衡量不同物種中順式作用元件對環(huán)形RNA生成的作用，闡明人基因組中所蘊(yùn)含的大量內(nèi)含子Alu序列是環(huán)形RNA在人中高表達(dá)的主要原因之一（Dong et al.， RNABiol 2017）；發(fā)現(xiàn)反式作用蛋白因子NF90/NF110對環(huán)形RNA表達(dá)調(diào)控和功能作用的新機(jī)制（Li et al.， Mol Cell 2017）；并多次發(fā)表應(yīng)邀綜述，系統(tǒng)總結(jié)環(huán)形RNA的生成加工及其潛在生物學(xué)功能的最新進(jìn)展（Yang， WIREs RNA 2015； Chen and Yang， Trends Cell Biol 2017； Li et al.， Mol Cell 2018）。

該項研究在楊力指導(dǎo)下，由計算生物學(xué)研究所研究助理董瑞（現(xiàn)為Harvard大學(xué)博士后）、碩博連讀研究生馬旭凱和李國衛(wèi)共同完成，并得到了國家基金委和中科院的經(jīng)費支持。

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