6天極速診斷遺傳??！智因東方推出加急模式

熱門推薦：加急模式 , 智因東方 , 遺傳病診斷 ,

來源：新浪醫(yī)藥新聞

2018-07-09

2018年7月初，中國遺傳病精準診斷技術的代表性公司——智因東方（原德易東方）發(fā)布了全球首家第三方遺傳病精準診斷技術服務的加急模式，可將原先1~3個月的基因檢測分析的漫長周期壓縮到6~10天，極限情況可以在6天內完成。

遺傳病種類繁多，疾病之間表型重疊，容易混淆，常規(guī)診斷很難，故常被稱為“疑難雜癥”。隨著近年來高通量測序（NGS，Next-generation sequencing）技術的應用，疑難遺傳病診斷的難度有所降低了，但檢測和分析周期往往長達1~3個月，仍然難以滿足實際臨床需求。本次智因東方推出的加急模式，將有助于幫助醫(yī)生大幅縮短遺傳病診斷周期。

智因東方的加急模式的特點是：

檢測范圍全面

智因加急模式顛覆了傳統(tǒng)診斷的試錯模式，采用至少基于患者及其父母等家系成員在內的全外顯子組測序（trioWES），還可以包括全家系的拷貝數(shù)變異檢測（trioCNVseq），甚至包括全家系的非編碼區(qū)測序等檢測策略，一步到位，全面覆蓋，避免應用panel反復試錯帶來的費用高、周期長等弊端。以下是關于這個檢測策略設計相關的幾個要點：

1. 為何要檢測全外顯子而非Panel或臨床外顯子？

因為人類每年都能新發(fā)現(xiàn)幾百種遺傳病，應用Panel或臨床外顯子（Clinical Exome，也稱“醫(yī)學外顯子”）很可能因檢測范圍不全而存在漏檢，另一方面檢測全外顯子（WES）能給患者提供陰性結果的回顧性分析的機會，而Panel及臨床外顯子則不能。在檢測價格相差不大甚至倒掛的情況下，選擇全外顯子更能體現(xiàn)“Patient First”理念。

2. 為何要用trio模式（先證者+父母的核心家系成員均做高通量測序）？

因為trio模式可以一步到位判斷基因變異是否符合遺傳學共分離原則，從而在診斷速度上遠超先證者模式（僅檢測先證者，再用一代測序驗證父母）。

3. 為何要檢測CNVseq？

因為有10-20%的疾病是由大片段（>500k）的拷貝數(shù)變異（CNV, Copy Number Variations）而來，有些致病區(qū)域未必在外顯子范圍，所以CNVseq以其檢測范圍全面（全基因組）和數(shù)據(jù)高度均衡（省略了全外顯子等捕獲測序的PCR過程帶來的拷貝數(shù)失真）而獨具優(yōu)勢。

4. 為何要檢測已知疾病的非編碼區(qū)？

因為這部分的變異是全外顯子測序所不包括的，但有可能與疾病發(fā)生相關。

變異形式全面

不僅檢測范圍全面，為避免漏檢，智因加急模式還可以同時涵蓋檢測分析小、中、大三類基因變異形式，即分別是點突變、基因內部外顯子缺失重復、CNV及單親二倍體（UPD，uniparental disomy）。

其中智因獨有的全外顯子分析流程，可以全面分析二萬個基因內部的外顯子缺失重復。

智因CNVseq不僅可以在CNV分析的準確性上不輸于CMA芯片，而且結合全外顯子可以精準分析UPD。

此外，智因加急模式甚至還包括針對特定疾病的整體解決方案，涵蓋mtDNA測序、三堿基重復檢測等。這樣可以盡可能提高一次檢出率，滿足加急診斷的需求。

數(shù)據(jù)質量高

當前有越來越多的證據(jù)表明Sanger測序（或稱一代測序）對于NGS檢出的雜合變異和嵌合體變異，常常會給出假陰性的驗證結果。

智因加急模式的全外顯子測序整體測序深度高達200~300X，40~60X以上覆蓋度超過99%，不僅絕大多數(shù)的雜合變異的可信度高于Sanger測序，還能檢測出很多低豐度嵌合體，這也是一代測序所難以檢測到的。提升NGS數(shù)據(jù)的質量和NGS結果的可信度，使得一步到位的快速診斷成為可能，而無需完全依賴于Sanger測序驗證結果。

精準到位的臨床診斷級數(shù)據(jù)注釋

NGS數(shù)據(jù)分析是遺傳病精準診斷中最費時的環(huán)節(jié)，要從WES數(shù)據(jù)中的幾十萬個變異中“大海撈針”般找到致病突變，在過去需要漫長的人工分析時間。

智因東方憑借其獨創(chuàng)的遺傳病三要素數(shù)據(jù)分析注釋平臺，可在全外顯子測序檢出的數(shù)十萬個變異中，精準挑選出幾乎唯一的致病突變，并結合臨床表型給出相對貼近臨床診斷的結果，整個過程可以在數(shù)分鐘內全自動完成。

這一自動注釋體系，不僅可以全自動給出每一個變異的ACMG致病評級，還能結合智因東方獨有的萬人級遺傳病患者表型+全外顯子組大數(shù)據(jù)，給出每一個變異分別在患者大數(shù)據(jù)中和正常人大數(shù)據(jù)中的頻率，并且對于在患者中相對富集的變異，還能進一步給出攜帶該變異的患者群體的表型聚類信息，對變異是否致病給出“真實世界證據(jù)”。

智因平臺所提供的全自動的臨床診斷級數(shù)據(jù)注釋，極大程度降低了人工分析的難度和時間，為進一步縮短診斷周期創(chuàng)造了條件。如果把遺傳病精準診斷比作一場球賽，那么智因東方所實現(xiàn)的從NGS實驗到數(shù)據(jù)臨床診斷級注釋的過程，就好比從后場發(fā)起進攻，直到創(chuàng)造了點球機會。最后一步就是由人工結合更多臨床信息，配合醫(yī)生做出最終診斷，完成最后的“臨門一腳”。

近乎極致的高檢出率

上述全面的檢測范圍，覆蓋全面的變異形式，加上高質量的測序，精準到位的臨床診斷級數(shù)據(jù)注釋，最終體現(xiàn)為對高檢出率的極致追求。

極高的性價比

對于如此龐大的檢測策略（測得全），如此高的數(shù)據(jù)質量（測得深且準），如此極速的檢測分析周期，通常意味著高昂的價格，但智因東方通過優(yōu)化各環(huán)節(jié)效率以降低加急模式的成本，并將節(jié)省下來的成本回饋社會，提供高性價比的加急模式檢測服務，力求讓絕大多數(shù)患者家庭都能承擔得起。

近年來國外陸續(xù)出現(xiàn)縮短遺傳病精準診斷周期的報道，但那些案例僅限于個案報道，而非通用流程，無法滿足眾多患者的需求。而本次智因東方發(fā)布的加急模式則是通用流程，所有應用這一流程的患者都有可能從中獲益，從而得到快速診斷的機會。

如果這篇文章侵犯了您的權利，請聯(lián)系我們。