2017年10月4日是冷凍電鏡的“高光”時刻。這一天,瑞典皇家科學院向全世界宣布,將2017年諾貝爾化學獎頒給發(fā)明冷凍電鏡的三位學者:哥倫比亞大學教授約阿基姆·弗蘭克(Joachim Frank)、英國劍橋大學生物學家和生物物理學家理查德·亨德森(Richard Henderson)以及瑞士洛桑大學生物物理學榮譽教授雅克·迪波什(Jacques Dubochet),以表彰他們在冷凍顯微技術(shù)領(lǐng)域的貢獻。
“科學發(fā)現(xiàn)往往建立在對肉眼看不見的微觀世界進行成功顯像的基礎(chǔ)之上,但是在很長時間里,已有的顯微技術(shù)無法充分展示分子生命周期全過程,在生物化學圖譜上留下很多空白,而低溫冷凍電子顯微鏡將生物化學帶入了一個新時代。”諾貝爾獎評選委員會如是說。
事實上,近年來冷凍電鏡的“高光”時刻不只這一個,正如中國科學院院士、清華大學生命科學學院教授隋森芳所言,此前生物學領(lǐng)域應(yīng)用冷凍電鏡產(chǎn)出的一系列高水平論文讓原子水平解釋生命現(xiàn)象成為可能。從分子級別到原子級別,這是生物學領(lǐng)域的巨大突破,冷凍電鏡的重要意義不言而喻。
技術(shù)快速發(fā)展
冷凍電鏡到底是什么?從上世紀70年代興起至今,冷凍電子顯微技術(shù)(cryo-electron microscopy, cryo-EM)已經(jīng)跨越了40多年的發(fā)展歷史,經(jīng)歷了冷凍制樣、單顆粒圖像分析和三維重構(gòu)算法等關(guān)鍵性技術(shù)的突破。
通俗而言,冷凍電鏡就是在傳統(tǒng)透射電子顯微鏡之上,加上了低溫傳輸系統(tǒng)和冷凍防污染系統(tǒng)。
中國科學院上海藥物研究所冷凍電鏡平臺(籌)負責人余學奎向《中國科學報》介紹道,冷凍電子顯微技術(shù)主要包括單顆粒冷凍電鏡技術(shù)(single-particle cryo-EM)和冷凍電子斷層掃描技術(shù)(cryo-electron tomography,cryo-ET)。
單顆粒冷凍電鏡技術(shù)首先捕獲大量隨機分布的同一種生物樣品的二維圖像,然后通過圖像處理算法解析其三維結(jié)構(gòu)。
近年來,隨著冷凍電鏡設(shè)備和計算機軟硬件的快速發(fā)展,特別是隨著直接電子探測器(Direct Electron Detector,DED)在冷凍電鏡中的應(yīng)用,單顆粒冷凍電鏡技術(shù)邁進了原子分辨率水平,在生物學、醫(yī)學和新藥研發(fā)等領(lǐng)域發(fā)揮著越來越重要的作用。
Cryo-ET則通過記錄單個生物樣品在傾斜旋轉(zhuǎn)過程中投影的一系列二維圖像,采用特殊的算法計算,將二維圖像重構(gòu)為三維斷層圖像。Cryo-ET主要研究組織、細胞和微生物中的超微結(jié)構(gòu),它能夠提供生理環(huán)境下大分子復合物納米、亞納米甚至近原子尺度的原位結(jié)構(gòu)信息以及其與其它大分子的相互作用信息。
Cryo-ET日益發(fā)展成為研究細胞結(jié)構(gòu)與功能的主要技術(shù)手段。
需補齊人才“短板”
顯然,填補生物化學圖譜上的“空白”成為“新時代”生命科學研究領(lǐng)域的新賽道,各國科學家爭先在這里施展拳腳。算上2018年11月19日南方科技大學的冷凍電鏡中心揭牌,僅國內(nèi)科研機構(gòu)引進高端電鏡設(shè)備就已超過20臺。
隋森芳告訴《中國科學報》,與國際上相比,國內(nèi)該領(lǐng)域研究機構(gòu)雖然硬件設(shè)備條件有了極大提升,但人才依然是短板。
余學奎對此表示認同。他表示,盡管冷凍電鏡設(shè)備非常昂貴,但包括中國、歐州和美國等眾多國家,都在投入大量資金購買冷凍電鏡設(shè)備,因此冷凍電鏡相關(guān)人才短缺是一個世界性問題。“由于我國在相關(guān)領(lǐng)域發(fā)展時間較短而又最為快速,其人才短缺問題尤其嚴重。”
如果這些好的電鏡設(shè)備要轉(zhuǎn)化成研究成果,還需要國家在政策上鼓勵,隋森芳表示,“電鏡人才不是‘批量生產(chǎn)’的,是一個一個培養(yǎng)的,需要經(jīng)過從樣品制備到控制電鏡在什么條件下輸數(shù)據(jù)再到圖像處理等比較全面的培養(yǎng)過程”。
在結(jié)構(gòu)生物學領(lǐng)域,30歲~40歲這一年齡層次有一批國際頂尖的科學家是華人科學家。
“盡可能多地加大海外人才的引進,這是一個比較‘短平快’的方式,另一方面,也要讓國內(nèi)培養(yǎng)的年輕學者留下來。”隋森芳說。
隋森芳表示,冷凍電鏡的人才短缺主要包括兩個方面,一是應(yīng)用冷凍電鏡解決生命科學問題的人才,二是對冷凍電鏡設(shè)備進行管理和運行的人才。不過,前者較易通過引進海外優(yōu)秀人才的方式使其短時間內(nèi)盡可能填補,后者則需要國家創(chuàng)造更好的留住或培養(yǎng)人才的條件。
“管理和運行冷凍電鏡設(shè)備的專業(yè)人才,他們的重要性一點兒都不比電鏡的應(yīng)用人才差。”隋森芳告訴《中國科學報》,“但是,我們需要提供與之相匹配的待遇和人才管理機制,為他們提供好的上升空間,不能單純用論文來衡量。”
“國內(nèi)硬件條件很好了,但很多海外相關(guān)領(lǐng)域人才不愿意回來,就是因為周圍科研的軟環(huán)境還不夠。實際上人比設(shè)備還重要,人才和設(shè)備應(yīng)并重。”隋森芳說,“國家應(yīng)該在高端電鏡關(guān)鍵技術(shù)上加大投入,設(shè)立研究方向做引導。”
前期積累薄弱
當前,冷凍電鏡設(shè)備的生產(chǎn)技術(shù)卻幾乎完全被歐洲和日本的廠商壟斷。
隋森芳告訴《中國科學報》,全世界生產(chǎn)冷凍電鏡的廠商只有日本電子、日立和荷蘭的FEI(現(xiàn)已被賽默飛公司收購)3家。
“目前國內(nèi)沒有一家企業(yè)生產(chǎn)透射式電鏡。”余學奎也對《中國科學報》表示,在冷凍電鏡的市場占有率方面,幾乎是FEI一家獨大的局面,與冷凍電鏡配套的直接電子探測器也主要是美國Gatan公司的K2相機。
“國內(nèi)在應(yīng)用冷凍電鏡解析生物大分子結(jié)構(gòu)方面處于世界領(lǐng)先水平,其與國外先進水平的差距主要在冷凍電鏡及其配套設(shè)備的研發(fā)制造方面。”余學奎表示。那么,為什么沒有國內(nèi)廠商生產(chǎn)冷凍電鏡,存在哪些“卡脖子”問題?
“現(xiàn)階段國內(nèi)廠商做整機不一定拼得過國外同行。”隋森芳表示,國外的先進電鏡設(shè)備都是經(jīng)過幾十年的技術(shù)積累,如果國內(nèi)想急于求成做高端電鏡,“我覺得以我們現(xiàn)在的積累,條件并不是特別成熟”。
“科學家也愛國,當然也希望采用國產(chǎn)的設(shè)備。”隋森芳說,但科研工作者需要通過設(shè)備使用去解決最前沿的生物學問題,“誰的好肯定是用誰的”。而就目前的設(shè)備技術(shù)水平來看,市場已經(jīng)被國外先進公司占領(lǐng),國產(chǎn)電鏡即使投入大資金快速發(fā)展也很難在短期內(nèi)達到國外先進電鏡設(shè)備所得實驗結(jié)果的可信度。
在余學奎看來,冷凍電鏡設(shè)備或技術(shù)的研發(fā)涉及材料、光學、生物、計算科學、半導體、系統(tǒng)集成和先進制造等多個學科技術(shù)領(lǐng)域,加之冷凍電鏡在過去很長一段時間都是一個小眾市場,“我國對相關(guān)領(lǐng)域缺乏足夠重視和長期投入,這也許是我國與國際先進行列存在差距的主要原因”。
如此背景下,在某些具體核心技術(shù)上發(fā)力或許是國內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域擺脫依賴、實現(xiàn)“突圍”的不錯選擇。
隋森芳認為,可以集中力量在圖像采集技術(shù)、圖像處理和結(jié)構(gòu)解析、以及冷凍系統(tǒng)的樣品制備技術(shù),各個擊破,可以先在這些具體技術(shù)上發(fā)展。
“這些核心技術(shù)發(fā)展之后,再做冷凍電鏡整機,自然而然就有了一定的積累。”隋森芳說。他補充道,基礎(chǔ)核心技術(shù)發(fā)展起來之后,不僅電鏡可以使用,也可以在一些軍事或其他產(chǎn)業(yè)得到應(yīng)用。
發(fā)論文并不因“電鏡”變易
近年來,隨著公眾對生物科學認知度的提高,每有科研機構(gòu)投入大量資金引進高端電鏡設(shè)備,網(wǎng)絡(luò)上總會出現(xiàn)一些聲音,認為“買電鏡”是為了“刷論文”,“冷凍電鏡讓結(jié)構(gòu)生物學很容易在頂級期刊上發(fā)表論文”“實用價值有限”等。對此,隋森芳認為并非如此。
“結(jié)構(gòu)生物學以前出了一批好的論文,但這些論文也是不容易的,這些成果都是一個實驗室多年積累的結(jié)果。”隋森芳告訴《中國科學報》,“網(wǎng)絡(luò)有時候并不能特別真實地反映科學研究的艱辛程度。如果說發(fā)論文是個優(yōu)勢的話,我覺得還應(yīng)該繼續(xù)發(fā)揮。”
隋森芳表示,不管是藥物還是生命的問題,最基本的還是要從分子、原子層解釋其機制,那就需要做結(jié)構(gòu)分析,而做結(jié)構(gòu)分析“看得最清楚那就是電鏡了”.
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